生物技術(shù)研究室設(shè)有分子遺傳、功能基因、品質(zhì)分子改良和生物信息四個(gè)課題組。研究室圍繞我國(guó)蔬菜產(chǎn)業(yè)中的重大科技問題和國(guó)家需求，以基因組學(xué)、功能基因、品質(zhì)代謝、分子育種、大數(shù)據(jù)分析等相關(guān)技術(shù)手段為依托，高效解決蔬菜生產(chǎn)和應(yīng)用研究中的重大基礎(chǔ)生物學(xué)問題，為培育我國(guó)優(yōu)良蔬菜品種奠定重要的理論基礎(chǔ)。為連接基礎(chǔ)研究和育種應(yīng)用的上下游環(huán)節(jié)，探索新一代分子設(shè)計(jì)育種技術(shù)和方法，生物技術(shù)研究室建立了如下四個(gè)主要研究平臺(tái)：
       1）蔬菜功能基因研究技術(shù)平臺(tái)，建有蔬菜分子生物學(xué)、遺傳轉(zhuǎn)化、蛋白功能研究等實(shí)驗(yàn)室，開展蔬菜作物重要性狀關(guān)鍵基因的快速定位及功能解析。2）蔬菜風(fēng)味品質(zhì)代謝物研究平臺(tái)，開展黃瓜、白菜、甘藍(lán)和番茄等主要蔬菜作物特有風(fēng)味品質(zhì)等的代謝基礎(chǔ)研究。3）自動(dòng)化高通量分子標(biāo)記分型平臺(tái)，建立了低成本、高通量、低人工的蔬菜作物DNA提取、標(biāo)記開發(fā)和基因分型實(shí)驗(yàn)體系，高效輔助蔬菜育種應(yīng)用。4）基因組等組學(xué)大數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，配置有大內(nèi)存、高存儲(chǔ)、多并行的計(jì)算服務(wù)器集群，開發(fā)了各類組學(xué)數(shù)據(jù)挖掘的工具和流程，推動(dòng)組學(xué)大數(shù)據(jù)在蔬菜產(chǎn)業(yè)和應(yīng)用基礎(chǔ)研究中的應(yīng)用。
       目前研究室完成了黃瓜、冬瓜、白菜、甘藍(lán)、番茄和馬鈴薯等主要蔬菜的全基因組序列圖譜構(gòu)建，解析了其基因組結(jié)構(gòu)；開展了主要蔬菜群體變異組研究，揭示了蔬菜群體遺傳多樣性及其馴化特征；揭示了多個(gè)產(chǎn)量和品質(zhì)性狀（如黃瓜苦味、性別決定、卷須發(fā)育、果實(shí)長(zhǎng)度、心皮發(fā)育，番茄果實(shí)大小、顏色、品質(zhì)代謝、花序調(diào)控，白菜和甘藍(lán)葉片結(jié)球及根莖膨大，白菜抽薹開花、硫甙等）的遺傳基礎(chǔ)和分子機(jī)制，相關(guān)成果在Nature、Science、Nature Genetics、Nature Plants、Nature Communication、PNAS和Plant Cell等期刊發(fā)表了100多篇SCI論文。

1.基因功能解析平臺(tái)研究成果（Example of molecular research in lab of gene functional study）

2.高通量分子標(biāo)記分型平臺(tái) (High-throughput molecular marker genotyping platform)

3.代謝分析平臺(tái) (Vegetable metabolites analysis platform)

4.大數(shù)據(jù)分析服務(wù)器室 (Bioinformatics center for vegetable X-omics data analysis)

5.土豆基因組-封面Nautre (The cover story of potato genome sequencing)

6.番茄基因組-封面Nature (The cover story of tomato genome sequencing)

7.番茄變異組-封面NG (The cover story of tomato variome analysis)

8.白菜基因組NG文章 (The genome study of Chinese cabbage)

9.白菜和甘藍(lán)性狀馴化解析Nature Genetics封面文章 (The cover story of the domestication of important horticultural traits in Chinese cabbage and cabbage)