近期，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院蔬菜花卉研究所王曉武團(tuán)隊(duì)在Nucleic Acids Research在線發(fā)表題為BRAD V3.0: an upgraded Brassicaceae database的研究論文。報(bào)道了第三版十字花科數(shù)據(jù)庫(kù)（BRAD V3.0）的重建升級(jí)。該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了目前已發(fā)表的十字花科物種的基因組、轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)數(shù)據(jù)資源，已成為最重要的十字花科植物數(shù)據(jù)庫(kù)之一，對(duì)十字花科植物組學(xué)數(shù)據(jù)資源的利用和分子設(shè)計(jì)育種的研究具有重要的價(jià)值。

       十字花科植物包含模式植物擬南芥，以及白菜、甘藍(lán)、油菜等重要的蔬菜和油料作物，具有非常重要的科研和經(jīng)濟(jì)價(jià)值。其中許多重要物種的大量組學(xué)數(shù)據(jù)（包括基因組、轉(zhuǎn)錄組和變異組等）已陸續(xù)被研究和報(bào)道。王曉武團(tuán)隊(duì)于2011年率先主導(dǎo)完成白菜基因組的測(cè)序及組裝，并先后參與完成了甘藍(lán)，芥菜、油菜的基因組的測(cè)序和組裝。該團(tuán)隊(duì)基于白菜和擬南芥的基因組數(shù)據(jù)資源于2011年建立了十字花科蕓苔屬作物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站Brassica database（BRAD, http://brassicadb.org），已成為十字花科基因組研究的重要門(mén)戶數(shù)據(jù)庫(kù)。在此基礎(chǔ)上，2015年該數(shù)據(jù)庫(kù)整合了13個(gè)十字花科物種的基因組數(shù)據(jù)及共線性關(guān)系的信息，BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站也升級(jí)到了2.0版本（Database-Oxford）。該數(shù)據(jù)庫(kù)極大地促進(jìn)了國(guó)內(nèi)外蕓薹屬物種的研究。隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的十字花科基因組、轉(zhuǎn)錄組等組學(xué)數(shù)據(jù)被公布，BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)面臨不斷地更新、升級(jí)的需求。

       本研究通過(guò)重建BRAD數(shù)據(jù)庫(kù)，累計(jì)收錄整合了36個(gè)十字花科物種基因組及308份樣品的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)和3個(gè)物種（白菜、甘藍(lán)和油菜）群體變異數(shù)據(jù)，并搭建了共線性分析等重要工具，升級(jí)為 BRAD V3.0 數(shù)據(jù)庫(kù)，主要提供十字花科基因組資源的訪問(wèn)、下載、在線分析等功能。其主要特點(diǎn)在于提供十字花科物種間基因共線性關(guān)系，極大地方便了十字花科作物研究人員利用擬南芥基因功能信息開(kāi)展深入研究。另外，該數(shù)據(jù)庫(kù)還新增了微共線性、共線性基因、系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建、變異數(shù)據(jù)檢索、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)檢索、基因序列比對(duì)和引物設(shè)計(jì)等特色功能。簡(jiǎn)單且用戶友好的網(wǎng)絡(luò)界面， 使得研究人員和育種工作者更加容易地進(jìn)行數(shù)據(jù)訪問(wèn)、查詢和分析。該數(shù)據(jù)庫(kù)將持續(xù)更新十字花科物種組學(xué)數(shù)據(jù)，將極大提升十字花科物種數(shù)據(jù)利用和深度挖掘能力，為十字花科作物功能基因組研究和分子設(shè)計(jì)育種提供信息平臺(tái)和數(shù)據(jù)支撐。

        王曉武團(tuán)隊(duì)的博士研究生陳海旭為本論文的第一作者，王曉武研究員為本論文的通訊作者。該研究得到了國(guó)家重點(diǎn)科研項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金以及農(nóng)業(yè)科技創(chuàng)新項(xiàng)目等項(xiàng)目資助。

       原文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1057/6424756

       （宣傳信息員 林潤(rùn)茂）

相關(guān)附件